無痛內視鏡檢查一般風險不高，有意義的併發症機率約為0.10%，目前為止極少使用鎮靜麻醉而死亡之案例。其他可能發生之併發症/副作用有噁心、嘔吐、吸入胃容物、頭昏、嗜睡、胸部或喉頭肌肉僵直，但機會很少。在檢查前為確保麻醉安全性，無痛內視鏡檢查需由經驗豐富的麻醉專科醫師及護士全程照護，由麻醉專科醫師，進行麻醉風險評估，採「靜脈麻醉」。麻醉深度低於一般手術時麻醉。全程監測受檢者心跳、血壓、血中氧濃度避免過度鎮靜帶來的呼吸抑制現象以提高安全性。目前的內視鏡管徑都已經做得很細，再加上醫師操作上都已非常熟練。但如果要選擇「麻醉式胃腸鏡檢查」也必須確認自己是不是適合再做決定。