胃鏡是一根軟管，所以不會痛。但是因為碰觸到咽喉部位，會有一種嘔吐的反射，胃鏡最不舒服的地方就是這一點。在檢查前護理人員會在您的口咽噴麻藥，味道苦苦的，但是整個口咽變得麻木遲鈍，比較不會有反射。這種咽喉部位嘔吐的反射，在年輕人以及非常緊張的病人比較明顯，除了上述方法之外，還可藉由深呼吸來減緩它。