黏膜下腫瘤通常是在胃鏡檢查時意外發現的，大多數的人通常沒有臨床上的症狀。

就算是有症狀通常也不具特異性，例如腹痛、消化道出血、腸阻塞 、膽胰道阻塞等等，要視【腫瘤的特性】、【大小】與【發生的位置】等...而定。

這些黏膜下的病灶有一部分是良性的:例如囊腫、異位性胰組織、淋巴血管瘤、脂肪瘤或是檢查當下因重力的關係造成腸外部器官的壓跡等。

但也有一些屬於惡性或是有可能變成惡性的可能:包括了胃腸間質瘤、類瘤、平滑肌肉瘤 、淋巴瘤、神經鞘瘤等等。

所以建議再去較大型設備齊全的醫院做完整的判斷與處理。