本院前身為『天主教仁慈診所』於1953年由義大利耶穌會會士勞民望神父初創，爾後自菲律賓邀請到周迪民修士（專長小兒科、內科）和池明雅修士（專長外科）回國服務。他們的仁心仁術造福鄉里，以及後繼的醫師和護士為本地居民所提供的醫療服務，皆為湖口鄉民所稱許。

1993年，天主教會新竹教區劉献堂主教有感於新竹縣醫療服務嚴重缺乏，主動配合政府全國醫療網計劃，特於原『仁慈診所』所在地擴建為『財團法人天主教湖口仁慈醫院』，並於『天主教耕莘醫院』設立籌備處。

歷經三年興工鳩建，本院於1996年9月25日正式取得開業執照，隨即開始提供門診、急診及住院醫療服務予鄰近地區民眾，初期開放400張病床。以先進的醫療設備與一流的醫護人員，提供最專業的診斷與治療。

2001年12月為結合耕莘醫療體系及輔仁大學醫學院等優秀服務團隊，董事會改組本院隸屬台北天主教耕莘醫院，正名為『天主教耕莘醫院仁慈分院』，2008年2月天主教會新竹教區為加強提供所屬社會福利機構醫療服務，並協助辦理福傳與仁愛救濟工作，董事會改組本院回歸新竹教區，並於2010年9月14日，配合行政院衛生署醫療法人制度化政策，本院更名為『天主教仁慈醫療財團法人』，現任董事長李克勉主教。

本院現為一擁有四百多位員工，四百多床並經行政院衛生署公告評定之『新制醫院評鑑暨教學醫院評鑑合格醫院』，服務的科別包括一般內科：心臟內科、胸腔內科、神經內科、腸胃內科、腎臟科、新陳代謝科、；一般小兒科：新生兒科、小兒心臟科；一般外科、骨科、泌尿外科、神經外科、大腸直腸外科、乳房外科；婦產科、麻醉科、復健科、耳鼻喉科、眼科、家庭醫學科、職業病科、身心科、影像醫學科、牙科、急診醫學科等。

針對民眾的需要，本院持續引入先進設備如：高解析度多切面電腦斷層掃描、X光機、內視鏡電子化，立體(4D)超音波掃描儀、電腦影像傳輸無片化(PACS)、體外振波碎石機、全數位乳房攝影機等醫療儀器，以提供民眾高品質及最優質的醫療診斷及服務。

為因應新竹地區長者及婦幼等特殊族群人口比例增高的現象，及近幾年癌症、慢性疾病發生率居高不下的實況，醫院積極地推動各項預防保健措施，以專業團隊合作的模式，持續經營社區健康生活營造，落實民眾健康管理，並提升居家照護服務品質，整合並善用社會資源，提供各式社區健康促進服務及專業醫療服務，以落實社區醫院維護民眾健康角色，善盡天主教會醫療傳愛使命。

我們的使命：

核心價值(宗旨)：
愛主愛人，尊重生命

存在目的(願景)：
醫療傳愛、健康促進 –

建立四全照護典範、發揚基督博愛精神

目標：
一、建立四全健康照護典範

二、建構以病人為中心與社區為基礎的卓越醫療照護模式

策略方針：
一、建立四全健康照護典範

二、建構以病人為中心與社區為基礎的卓越醫療照護模式

三、發揮社區醫院功能，提供優質醫療服務品質