本院創立於民國76年3月;位於恆春二級古蹟南門之旁，故取名為南門醫院。耕耘醫療服務30多年來，不斷的提升醫療品質，聘僱專業醫療人才，近年來與高醫和榮總合作醫師進駐與技術交流，並添購多項醫療儀器設備，提供給屏東縣枋山以南包含恆春半島地區居民，完善的醫療服務。秉持「視病猶親」、「打造社區好醫院」、「優質醫療團隊」、「在地安養」中心思想，與民眾共創健康、美好生活。

民國89年5月 成立洗腎中心

民國91年~92年 與高雄醫學大學附設醫院及東港安泰醫院建立策略聯盟

民國91年4月 成立加護病房（ICU）

民國95年8月 為改善恆春地區之緊急醫療資源，主導申請行政院衛生署緊急醫療資源缺乏區之改善計畫，與恆春其他兩家地區醫院共同成立「恆春區聯合急診中心」

民國98年6月 更改執行模式為「恆春區急診輪值醫院」

民國97年12月 PACS系統正式上線

民國102年 與高醫和榮總策略聯盟，進行醫師看診及醫療技術交流合作計畫

宗旨目標

宗旨：社區好醫院、優質好團隊

目標：推行社區健康、提升醫療品質

願景：建構優質醫院、永續經營發展