健檢中心位於醫療大樓一樓，本中心亦是勞工體格檢查認可之醫療機構，提供周全的勞工一般及特殊健檢項目、汽機車檢查，105年配合政令亦提供「高齡駕駛人認知功能測驗」等。依據國民健康署歷年公布的國人十大死因，癌症、冠狀動脈心臟病、腦中風、糖尿病、高血壓已盤據排行榜上多年，而這些疾病，若能透過定期健康檢查，就有機會「早期發現疾病、早期治療」，因此本院除提供一般體健檢業務外，更提供高階健康檢查等各種類型的健康檢查服務。

新營醫院為非營利之公醫醫院，為發揮公醫使命，及更貼近健檢民眾需求，特於每週六上午提供一般體健檢檢查，另外健檢中心更設有完整的健康檢查方案，套餐內容涵蓋重要疾病及其他常見疾病的檢測，亦可依據受檢者個人健康需求來做選擇。硬體設備部分，為降低受檢者緊張情緒，提供溫馨舒適休息區；在醫療設備部分提供多元且精確先進的檢驗項目，並由資深專科醫師參與檢查及診斷判讀。檢查結果如有重大異常者，則由專人立即電訪通知，並依個人健康需求，主動安排後續醫療服務，接受進一步診斷與治療。

本院期待民眾給自己一個機會~「一個早期發現早期治療的機會」「一個數據化認識自己的機會」，希望這不是口號，而是落實進行，從提升民眾健康概念著手，強調關心的不只是治療疾病，而是如何早期診斷，甚至提前發現尚無徵兆的疾病，進而做好個人的健康管理。本院健檢中心秉持專業非營利態度，為民眾提供個人化健檢服務，為您的健康把關，讓每個民眾都是「健康守門員」。