本院以「強化在地醫療服務、發展特色照護模式」作為設立宗旨，並以「守護旗津世代健康，成為全人照護標竿社區醫院」為未來願景。秉持下列理念：1.落實以病人為中心、病人安全為主軸的品質。2. 整合在地資源，深耕社區，落實健康促進。3. 開發特色醫療，開發市場及增進醫療品質。除此之外，本院也著重社區服務之策略發展，加強對當地的全人照護。