本院健康管理中心隸屬社區醫學部，提供全方位的體檢服務，包括全民健保提供的免費成人健檢及花蓮縣政府提供的長者健檢，另外在自費方面有高階健檢、個人（學生）健檢、婚前健檢、勞工（巡迴）體檢、機車駕照體檢、軍校招生體檢、兵役體檢及軍人體檢、軍訓教官體檢等。
健康管理中心採獨立的健檢環境，達到病、檢分離的要求，除有舒適合宜的候診設施，更注重隱私、安全及快速等要求。對於受檢貴賓健康之管理，本院採客制化服務，尊重貴賓之需求，檢查內容均先經過充份討論，由貴賓與院方共同擬定專屬個人的健檢方案，以落實受檢貴賓參與個人健康管理之目的。
