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檢測顱內腦組織結構檢查(大腦、小腦、腦幹、眼睛、鼻咽、鼻竇等)、顱內動脈，並可評估頭部鄰近器官如鼻竇等構造。腦部核磁共振可以幫助發現腦部腫瘤、血栓、血管壁的突起(血管瘤)、腦內的血塊、因多重硬化症產生的神經纖維的破壞(MS)，其他形式的腦傷害(如中風所引起的腦傷)。核磁共振也可以顯示眼睛的問題、從眼睛到腦部神經引導(視神經)、耳朵、從耳朵倒腦部的神經引導(聽覺神經)。

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